本部長
櫛山 博

• 総務部
• 募金課
• 企画部
• 財務部
• 人事部
• 購買・施設部
• IT推進部
• 広報部
• 医事部
• 健診センター運営部

本部長
佐野 武

がん研有明病院

病院長
佐野 武

専門診療部門

• 呼吸器センター
  • 呼吸器内科
  • 呼吸器外科
• 消化器センター
  • 消化器内科
    • 消化器化学療法科
    • 肝・胆・膵内科
    • 上部消化管内科
    • 下部消化管内科
  • 消化器外科
    • 食道外科
    • 胃外科
    • 大腸外科
    • 肝・胆・膵外科
• 乳腺センター
  • 乳腺内科
  • 乳腺外科
• 婦人科
• 頭頸科
  • 甲状腺センター
• 整形外科
• 泌尿器科（前立腺センターを含む）
• 血液腫瘍科
• 総合腫瘍科
• サルコーマセンター

一般診療部門

• 総合診療部
• 循環器内科
• 内分泌・代謝科
• 腎臓内科
• 神経内科
• 麻酔科(ペインクリニック)
• がん疼痛治療科
• 腫瘍精神科
• 形成外科
• 眼科
• 感染症科
• 皮膚科
• 漢方サポート科
• 歯科

中央診療部門

• 緩和ケアセンター
  • 緩和治療科
    • 緩和ケアチーム
  • 医療連携部
  • がん相談支援部(がん相談支援センター)
• 診療情報管理室
• 放射線治療部
• 画像診断センター
  • 画像診断部
  • 核医学部
• 内視鏡診療部
• 化学療法部
  • 化学療法管理室
  • 外来治療室（ATC)
• 遺伝子診療部
• 中央手術部
• オンコロジックエマージェンシー＆ディザスターセンター(OEDC)
  • 集中治療部
  • 救急部
  • 災害医療部
    • 災害派遣医療チーム(DMAT)
• リハビリテーション部
  • 運動器リハビリテーション室
  • リンパ浮腫治療室
• 臨床検査センター
  • 検体検査部
  • 生理検査部
  • 超音波検査部
  • 遺伝子診断部
• 輸血部
• 臨床病理センター
  • 病理部
  • 細胞診断部
• 栄養管理部
• 滅菌材料室
• MEセンター
• ベットコントロールセンター
• 患者相談室
• フォトセンター
• ボランティア支援室

看護部門

• 看護部

薬剤部門

• 薬剤部

医療クオリティマネジメント部門

• 医療クオリティマネジメントセンター
  • 医療安全管理部
  • 院内感染対策部
  • クオリティインプルーブメント部

臨床教育・研究部門

• 臨床教育研修センター
• 臨床研究センター
  • 臨床試験支援部
  • 企画・品質管理部
  • TR支援部
• 医療機器開発研究センター
• データベース＆バイオバンクセンター
• 細胞検査士養成所

健診センター

• 検診部
• 運営部

本部長
野田 哲生

• 研究管理部

がん研究所

所長
野田 哲生

• 病理部
• 実験病理部
• 細胞生物部
• がん生物部
• 細胞老化プロジェクト
• 生化学部
• がんエビゲノムプロジェクト
• 物理部
• 遺伝子診断研究部
• 発がん研究部
• エピジェネシス発がん研究部
• 蛋白創製研究部
• 化学療法部
• がんゲノム研究部
• 交流センター
• 分子標的病理プロジェクト
• 図書室
• 動物室

がん化学療法センター

所長
藤田 直也

• 基礎研究部
• 分子薬理部
• 分子生物治療研究部
• 遺伝子治療研究室
• ゲノム研究部
• 臨床部
• 制癌剤情報室

がんプレシジョン医療研究センター

所長
中村 祐輔

• がんゲノム医療開発プロジェクト
• 次世代がん研究シーズ育成プロジェクト
• がんオーダーメイド医療開発プロジェクト
• リキッドバイオプシー診断開発プロジェクト
• 免疫ゲノム医療開発プロジェクト